На базе МАПО проводятся курсы повышения квалификации и сертификационные курсы по специальностям и специализациям:
Специальности и специализации работников с высшим и послевузовским медицинским образованием
Специальности и специализации работников с техническим и профессиональным медицинским образованием
Специальности и специализации работников в области общественного здоровья и менеджмента здравоохранения, санитарно-эпидемиологического профиля